fluff 是一个软件包,它允许对映射到参考基因组的高通量测序实验进行简单的探索、聚类和可视化。这个包包含三个命令行工具,用于生成发布质量数据
官网:https://fluff.readthedocs.io/en/latest/introduction.html
- 环境:Ubuntu 20.04 LTS,这个软件好像不支持 win?
这个安装好无语。大家的 PC 都装不上,部分机房电脑是可以装上的
但是既然决定 PC 上用 Ubuntu 了,那就要贯彻到底了
方法
官方最简安装方法:用 conda 安装
但是这个方法。得安一小时,还报错。一开始以为是机房网不好,后来网好了发现也那么慢,唔,那没事了,可能是因为直接从外国服务器上下载的吧
第二种方法:用 pip
这个还挺快的,但有报错
少 pyBigWig 这个包
比较麻烦的方法:源码安装
可以全部用命令行,用 git
也可以图形界面浏览器直接到 https://github.com/simonvh/fluff/releases 下载压缩包
最新的版本是 3.0.3
编译
报错
这个可能是 anaconda 和自带 python 冲突了?反正是没有在 bin 里关联全局指令
用 which 命令看 python 的位置
报错
大概还是少 pyBigWig 这个包,而且这个包依赖
再来一遍 还是报错
解决
第一种方法不要了
从后两种方法的报错来看,主要问题:缺少 pyBigWig
装就完了
报错
真烦人。去 conda 里装
报错
少 curl 依赖,装
再装 pyBigWig 就可以了
成功后再装 biofluff
成功了!运行 fluff
有一点报错,但是不影响使用。
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