不一样的富集分析可视化

不一样的富集分析可视化 clusterProfiler 自带的可视化函数 barplot 和 dotplot 其实已经够看,但是想要与众不同一点的话还是得自己动手。 简单一点的方案 这套方案主要是将 GO 的三类 Term:BP、MF、CC 绘制到一张图上,并支持自定义颜色。 image 20240701020903451 https://img.limina.top/blog/image 202...
不一样的富集分析可视化

不一样的富集分析可视化

`clusterProfiler` 自带的可视化函数 `barplot` 和 `dotplot` 其实已经够看,但是想要与众不同一点的话还是得自己动手。

简单一点的方案

这套方案主要是将 GO 的三类 Term:BP、MF、CC 绘制到一张图上,并支持自定义颜色。
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加载 R 包

定义分析函数

定义颜色和绘图函数

如果你不知道选什么颜色,这里提供两种随机颜色的方法:

函数一

由于 `ggsci` 包的调色板中的颜色数量各不相同(我已知的有 7~9),函数一的 n 值设置有一定的限制(最好 < 7),需要生成更多颜色可以使用函数二:

函数二

绘图的函数:

函数使用

更加花哨一点

主要用到了 `circlize` 和 `ComplexHeatmap` 这个两个包,画成环形图
学习资料:
  • https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/
  • https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/index.html
GO_enrichment_circlize
GO_enrichment_circlize
更美观的同时也展示了更多的信息:
  1. 最外圈是通路的类别
  1. 第二圈是通路基因的个数
  1. 第三圈是通路中上调/下调基因的个数
  1. 最内圈是 -log(P-Value) 的柱状图

加载 R 包

富集分析数据准备

在这里我分别对上调、下调基因都做了富集分析(为了绘制第二圈)
预处理

圆形富集图

带基因的显著通路

对于显著的通路,我们也可以在条形图中展示少量其中的基因
GO_enrichment_top3
GO_enrichment_top3
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