不一样的富集分析可视化
`clusterProfiler` 自带的可视化函数 `barplot` 和 `dotplot` 其实已经够看,但是想要与众不同一点的话还是得自己动手。
简单一点的方案
这套方案主要是将 GO 的三类 Term:BP、MF、CC 绘制到一张图上,并支持自定义颜色。

加载 R 包
定义分析函数
定义颜色和绘图函数
如果你不知道选什么颜色,这里提供两种随机颜色的方法:
函数一
由于 `ggsci` 包的调色板中的颜色数量各不相同(我已知的有 7~9),函数一的 n 值设置有一定的限制(最好 < 7),需要生成更多颜色可以使用函数二:
函数二
绘图的函数:
函数使用
更加花哨一点
主要用到了 `circlize` 和 `ComplexHeatmap` 这个两个包,画成环形图
学习资料:
- https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/
- https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/index.html

更美观的同时也展示了更多的信息:
- 最外圈是通路的类别
- 第二圈是通路基因的个数
- 第三圈是通路中上调/下调基因的个数
- 最内圈是 -log(P-Value) 的柱状图
加载 R 包
富集分析数据准备
在这里我分别对上调、下调基因都做了富集分析(为了绘制第二圈)
预处理
圆形富集图
带基因的显著通路
对于显著的通路,我们也可以在条形图中展示少量其中的基因

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