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在 Jupyter Notebook 中使用 R 语言

Nature Medicine 重磅｜ehrapy：一站式电子病历分析开源框架，破解医疗数据孤岛，赋能临床科研

小棉测试文章 - notionnext-post.mjs 脚本验证

测试文章 - 小棉的第一篇

两种使用 Python 获取基因信息的方法

Ubuntu 中 WPS 的字体渲染问题

单细胞转录组数据分析入门-3-Seurat 对象详解和常用命令

两种富集分析的理解

基于 NoneBot2 的 QQ 机器人搭建

单细胞转录组数据分析入门-2-各种格式的单细胞数据读取

单细胞转录组数据分析入门-1-数据与分析平台

单细胞转录组数据分析入门-0-简介

“本体”是什么？

常见的 marker 基因以及一些文章的单细胞代码

从零开始的 AI 学习-1-入门机器学习

从零开始的 AI 学习-0-路径规划

使用 ggsc 绘制 Seurat 对象

非负矩阵分解分析连续细胞状态

跨多个通路的 DEGs 可视化

使用 Ensembl API 查询 SNP 在不同人群中的分布情况

想做的一些项目

科研写咋词汇表

衰老指标评估

Cytoscape.js 的使用

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站-08-使用动态配置编写组件：以页脚美化为例

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站-07-添加 VuePress 作为内嵌文档

差异基因富集分析与 GSEA

写一个简单的 R 包：DTII v0.1.0 的开发过程

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站-06-前端与后端的交互

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站-05-API 的设计与实现

文献信息抽取和规范化

单细胞分析经验

使用结构化输出规范 OpenAI API 的输出结果

加权网络属性的计算方法

相同网络在不同状态下的比较

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站-04-后端服务搭建准备

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站-03-编写第一个页面

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站-02-项目初始化与开发环境设置

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站-01-项目介绍

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站-00-大纲

银屑病单细胞数据 GSE151177 分析复现

任务挑战-PharmaNet 项目报告

GraphQL API 使用介绍：以 Open Targets Platform 为例

REST API 和 GraphQL API 的联系与区别

使用网络方法识别疾病模块

使用 Entrez API 进行 PubMed 文献信息提取

基于网路的共病分析思路

Aging Biomarker 在单细胞数据上的应用

使用 Annovar 注释 VCF 文件

不一样的富集分析可视化

在 Ubuntu 中安装、更新和移除 deb 包

生物信息学中的常见统计量

差异表达分析：使用 R 进行 RNA-Seq 数据分析

Hexo + ShokaX 博客搭建

友链

Ubuntu 开机光标闪烁进不了系统

ArrayTools 的 Excel 插件不自动安装的问题

制作移动硬盘启动盘（Ubuntu）

Xampp 的 Apache 服务打不开的问题

Win10 如何搭建 FTP 服务器

从本地迁移网站到服务器

Hostinger 建站流程

宝塔+WordPress建站

Ubuntu 开机慢

Java 获取控制台输出

Ubuntu 下两种软件的全局使用

Ubuntu 下批量转 pdf

Ubuntu wine QQ 卡死

jupyter notebook 包导入路径问题

fluff(biofluff) 装不上的问题

Ubuntu 安装 art_illumina

Ubuntu 更新时 boot 空间不足

Ubuntu 硬盘安装

Win10 内置 Hyper-V 虚拟机使用教程

2024年9月Nature Medicine发表全球首个模块化、一站式开源Python电子病历分析框架ehrapy，打通数据导入→质控→降维→聚类→生存/因果分析→偏差校正全流程，支持多模态融合（临床、多组学、影像、文本），可精准分型、发现标志物、量化因果、校正偏差。

本文是小棉使用 notionnext-post.mjs 脚本发送的测试文章，用于验证博客自动化流程。

这是一篇通过 Notion API 自动创建的测试文章，用于验证小棉与 NotionNext 博客的连接。

两种使用 Python 获取基因信息的方法 使用 Entrez API 此方法需要在 NCBI 使用邮箱注册账号 python from Bio import Entrez, Medline def fetch gene annotatio gene name: str : """Fetch gene annotation from Entrez""" Entrez.email = "xxxxxx...

Ubuntu 中 WPS 的字体渲染问题 Ubuntu 上的 WPS 经常遇到字体渲染异常的问题，一方面是由于缺失，另一方面则是依赖。 字体缺失问题 这个 Github 仓库 https://github.com/dv anomaly/ttf wps fonts 提供了解决方案： bash git clone https://github.com/dv anomaly/ttf wps fonts....

单细胞转录组数据分析入门 3 Seurat 对象详解和常用命令 Seurat 对象的数据结构是一个 S4 对象 ，它整合了单细胞 RNA 测序的原始数据、样本信息、分析结果等多种数据。 什么是 S4 对象 S4 对象 是 R 语言中的一种高级面向对象编程机制，用于更复杂的对象和数据结构。相比于基础的列表（如 R 的 S3 对象），S4 对象具有更严格的规则，包括： 1. 明确的类定义 ：每个 S4...

两种富集分析的理解 KEGG/GO 富集分析和 GSEA（基因集富集分析，Gene Set Enrichment Analysis）是两种不同但相关的分析方法，它们都有助于从基因表达数据中挖掘生物学意义，但它们的原理和使用场景有所不同。 KEGG/GO 富集分析 KEGG/GO富集分析是一种重要的基因功能注释和生物通路分析方法，通过统计学手段从基因列表中挖掘显著富集的功能注释（Gene Ontol...

这篇文章最初写于 2020 年，题为 如何在 Ubuntu 下使用 QQ ，现在 QQ 官方已经发布了 Linux 版本，原文也由此成为时代的眼泪了......这些技术和技巧性的东西就是如此，时效性极强。5 年过去，也应当进行一些 ⌈老文翻新⌋ 了，本文介绍如何基于 NoneBot2 在 Ubuntu 下的 QQNT 中搭建机器人 基于 NoneBot2 的 QQ 机器人搭建 什么是 go cqh...

单细胞转录组数据分析入门 2 各种格式的单细胞数据读取 单细胞转录组测序的格式可能有多种，包括单样本，多样本，10X 的标准输出文件，h5，h5ad，txt/csv/tsv 网上的教程鱼龙混杂，这使我在初次接触时晕头转向 10X 标准输出 这是目前比较主流的一种数据格式，对于一个样本，其包含： barcodes.tsv.gz ：记录 cell id features.tsv.gz ：记录 gene...

单细胞转录组数据分析入门 1 数据与分析平台 关于单细胞转录组数据 细胞与基因表达矩阵 单细胞转录组数据的核心是一个 细胞与基因的表达矩阵 ，通常以行代表基因，列代表细胞。矩阵中的每个数值表示某个基因在某个细胞中的表达水平。这个矩阵有如下特点： 稀疏性： 多数基因的表达值为零或接近零，因为在特定细胞中只有部分基因会被活跃表达。 高维度： 单细胞实验通常包含数千个基因和数千至数百万个细胞。 数据来源...

单细胞转录组数据分析入门 0 简介 单细胞转录组学（Single cell RNA sequencing，scRNA seq）是近年生命科学研究中的热门领域。它为解析复杂生物系统提供了高分辨率，用于揭示细胞异质性和基因表达调控的微妙差异。本篇介绍单细胞转录组学的基本概念、技术发展和主要应用场景。 什么是单细胞转录组 传统的转录组学研究通常以细胞群体为研究对象，得到的是“平均值”表达水平，无法区分不...

“本体”是什么？ 在生物学和生物信息学中，“本体”（Ontology）是一种用于组织和表示知识的框架，它定义了一组概念及其相互关系，帮助理解和管理复杂的数据。生物学中的本体特别用于描述生物学相关的实体和现象，以及它们之间的关系。 本体的核心特点 1. 定义的标准化 ： 本体通过定义标准的术语来描述概念和实体，确保不同研究人员或系统对相同的术语有统一的理解。 2. 层次化结构 ： 本体通常采用树状结...

从零开始的 AI 学习 1 入门机器学习 基本概念 特征（Feature） 数据中的属性或变量，用于描述样本。 示例 ：在房价预测中，房屋面积和房间数量是特征。 标签（Label） 监督学习中目标变量的真实值，用于训练模型。 示例 ：房价预测中的真实房价。 模型 描述输入与输出之间映射关系的数学函数。 示例 ：线性回归模型：$y = w \cdot x + b$ 模型训练与测试 训练集 ：用于学习...

从零开始的 AI 学习 0 路径规划 1. 入门机器学习：掌握机器学习的基本原理和方法 1. 主题： 监督学习与无监督学习的基本概念 常见算法：线性回归、逻辑回归、决策树、K means 模型评估：交叉验证、混淆矩阵、ROC 曲线 2. 实践： 使用 Scikit learn 进行模型训练 在 Kaggle 上完成基础的机器学习比赛，如 Titanic 数据集 2. 深入学习深度学习：掌握神经网络...

使用 ggsc 绘制 Seurat 对象 Seurat 包自带了一些绘图函数，虽然也是基于 ggplot2 的，但是扩展性其实没那么强 正好 Y 叔写了个包 ggsc，虽然已经有基本的 使用教程 https://yulab smu.top/ggsc/ ，但还是有些常用的应用场景需要自己探索一下： 基本绘图 对我个人而言，基本绘图可以这样写 r Idents seurat object < "cel...

非负矩阵分解分析连续细胞状态 在现代生物学研究中，理解细胞状态的多样性和连续性是揭示复杂生物过程的重要一步。 无论是肿瘤微环境中的细胞演化，还是发育过程中的细胞分化，细胞状态的变化通常不是离散的，而是表现为一种渐变的连续谱。 非负矩阵分解（Non negative Matrix Factorization, NMF） 能够有效提取和解释基因表达数据中的连续细胞状态。本文将探讨 NMF 在分析连续细...

跨多个通路的 DEGs 可视化 报错的原因是 scale fill manual 提供的颜色向量 custom colors 中的颜色数量不足以覆盖 geom scatterpie 内使用的 cols 所对应的路径数量，导致了“需要 11 个颜色，但只提供了 9 个”的错误。 原因分析 1. scale fill manual 会同时影响所有使用 fill 映射的几何对象，包括： geom sca...

使用 Ensembl API 查询 SNP 在不同人群中的分布 Ensembl REST API 的端点和测试用例可以在 这里 https://rest.ensembl.org/ 找到。本文以 R 语言为例，介绍如何使用 Ensembl API 查询特定单核苷酸多态性（SNP）的分布情况，包括单个和批量查询的实现过程。 为什么要查询 SNP 的分布？ SNP（单核苷酸多态性）是基因组中常见的变异形...

想做的一些项目 DTII 的功能扩展 药物相互作用组 距离算法 GPT Enrich 结合 GeneCards 和文献自动推断富集结果的意义

科研写作词汇表 | 英文 | 中文 | 例句 | | | | | | hypothesize | 假设 | We hypothesize that... | | leverage | 利用 | By leveraging machine learning techniques, we can... | | be apparent with | 明显的 | ...we can efficiently...

Cytoscape.js 的使用 由于 PrismJS 尚不支持 Vue 的语法高亮，因此 Vue 代码块均先使用 HTML 的高亮 2024 09 23 在前面，

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站 08 使用动态配置编写组件：以页脚美化为例 由于 PrismJS 尚不支持 Vue 的语法高亮，因此 Vue 代码块均先使用 HTML 的高亮 2024 09 23 在前面，我们为了方便，在根组件 ADDB/src/App.vue 中简单写了一个页脚 html <el footer class="footer" <p &co...

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站 07 添加 VuePress Theme Hope 作为内嵌文档 由于 PrismJS 尚不支持 Vue 的语法高亮，因此 Vue 代码块均先使用 HTML 的高亮 2024 09 23 VuePress 是一个基于 Vue.js 的静态网站生成器，专为构建技术文档和博客等内容设计。 VuePress Theme Hope ...

差异基因富集分析与 GSEA 在基因表达研究中，我们常常会遇到这样的问题：找到了一组有趣的基因，它们在某种条件下表现出不同的表达模式，但这些基因到底在干什么？它们有没有共同的作用？富集分析可以回答这些问题。 富集分析方法主要有两种： 1. 传统差异基因富集分析（如 GO/KEGG 分析） 2. GSEA（基因集富集分析）。 差异基因富集分析：聚焦在显著差异基因上 在传统的差异基因富集分析中，我们会...

写一个简单的 R 包：DTII v0.1.0 的开发过程 前段时间参加了字节和 Intel 办的 Bio OS 开源开放大赛（任务挑战赛），初赛后写了一个小 R 包 DTII https://github.com/WhyLIM/DTII ，用于从 Open Targets Platform GraphQL API 查询药物 靶标 适应症相互作用。以此为例介绍一下 R 包的开发流程。 准备环境 R ...

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站 06 前端与后端的交互 由于 PrismJS 尚不支持 Vue 的语法高亮，因此 Vue 代码块均先使用 HTML 的高亮 2024 09 23 在上一步中，我们已经设计并实现了基础的 API 功能。 现在我们在前端使用 Vue 发送请求并展示数据，分为以下几个步骤： 1. 安装 Axios 用于发送 HTTP 请求 2. ...

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站 05 API 的设计与实现 由于 PrismJS 尚不支持 Vue 的语法高亮，因此 Vue 代码块均先使用 HTML 的高亮 2024 09 23 设计 API 功能 由于这是一个 Biomarker 数据库网站，所以应该具有的基础功能有： 获取 Biomarker 列表，并支持根据条件（如名称和类型）进行筛选； 获取筛选...

文献信息抽取和规范化 过去的做法 自我的科研生涯以来，已经参与构建和发布了多个生物标志物数据库。例如： Colorectal Cancer Biomarker Database CBD2 http://www.eyeseeworld.com/cbd/ Aging Biomarker Compendium ABC http://www.eyeseeworld.com/aging/ 以及正在做的 Al...

单细胞分析经验 整体描述：聚类，亚群注释，组织分布 细胞分群与注释 1. 非监督聚类算出 marker 2. 已知的 marker 筛选细胞亚群：基因，功能，TF，互作，拟时序 如何筛选细胞亚群？ Fig1. 整体描述：聚类，不同疾病状态的关系，细胞大群的组织分布。 Fig2. 筛选细胞亚群：特征基因，功能，转录因子，细胞互作，拟时序 Fig3. 稀有且肿瘤富集的细胞亚群 巴氏距离（Bhatt d...

使用结构化输出规范 OpenAI API 的输出结果 在 AI 驱动的应用程序中，生成结构化数据是一个核心需求。我们通常希望 AI 能够从非结构化的输入中提取信息，并将其转换为结构化数据格式以便后续的处理。随着 OpenAI API 的发展， 结构化输出（Structured Outputs） 特性已经被加入。 什么是结构化输出？ 结构化输出 是 OpenAI API 的一个新功能，允许我们通过提...

加权网络属性的计算方法 三个指标（ 加权度中心性 、 加权平均路径长度 、 加权聚类系数 ）在加权网络中的计算方法与传统未加权网络的指标类似，但在计算时引入了边的权重。以下是每个指标的计算方法及其背后的原理： 1. 加权度中心性（Weighted Degree Centrality） 加权度中心性考虑了节点与其邻居相互作用的强度，而不仅仅是连接数量。 计算公式： 加权度中心性 $C D v $ 是...

相同网络在不同状态下的比较 如果我有两个相同的代谢物网络（节点及边是相同的），但是它们是在不同的生理条件下得到的，我只能通过代谢物在不同状态下的 coefficient 来给边加权。在这种情况下，可以通过哪些属性，或者是什么方法来在网络上比较差异？ 要比较的是网络中的 边权重的变化 以及这种变化如何影响网络的整体属性和功能。在这种情况下，有几个网络属性和分析方法可以用于比较两个加权网络的差异： 1...

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站 04 后端服务搭建准备 由于 PrismJS 尚不支持 Vue 的语法高亮，因此 Vue 代码块均先使用 HTML 的高亮 2024 09 23 搭建本地测试数据库 安装 MySQL 并启动 下载 MySQL https://dev.mysql.com/downloads/mysql/ ，以在本地搭建测试数据库。 以 8.4...

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站 03 编写第一个页面 由于 PrismJS 尚不支持 Vue 的语法高亮，因此 Vue 代码块均先使用 HTML 的高亮 2024 09 23 由于大家可能初学 Vue 3，为了先熟悉 Vue 3 和前端开发的流程，我们先来编写一些基本的前端页面。 在之前的教程中，我们已经了解了目录结构： plaintext ADDB/ ├...

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站 02 项目初始化与开发环境设置 创建前端项目 安装 Node.js 和 pnpm 确保你已经安装了 Node.js https://nodejs.org/ ，建议安装最新的 LTS 版本。 安装 pnpm，打开终端并运行以下命令： bash npm install g pnpm pnpm 是一个快速且高效的包管理工具，相较于...

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站 01 项目介绍 项目背景 阿尔兹海默症（Alzheimer’s disease）是一种影响记忆和认知功能的神经退行性疾病，随着全球老龄化的加剧，其发病率逐年上升。为了支持科学研究与公众教育，开发一个专门的数据库网站显得尤为重要。本项目的目标是创建一个关于阿尔兹海默症相关生物标志物的数据库，具体目标包括： 数据收集 ：汇集有关...

使用 Vue 3 + Element Plus 从头开始写一个数据库网站 00 大纲 项目介绍 项目背景 Alzheimer’s disease Biomarker 数据库网站简介 项目功能和目标：收集、存储和展示阿尔兹海默症相关生物标志物，并为公众提供查询与简单分析功能。 目标用户群体与预期的应用场景 技术栈介绍 前端：Vue 3 + Element Plus 后端：Node.js + Expr...

银屑病单细胞数据 GSE151177 分析复现 文章标题为 Single cell transcriptomics applied to emigrating cells from psoriasis elucidate pathogenic versus regulatory immune cell subsets（单细胞转录组学应用于银屑病迁移细胞阐明致病性与调节性免疫细胞亚群） ，发表在 J...

任务挑战 PharmaNet 项目报告 CCF 开源创新大赛暨第二届 Bio OS 开源开放大赛 参赛团队：BPG 2024 年 9 月 12 日 1. 项目简介 1.1. 项目背景 近年来，随着生物医学研究的飞速发展以及基因组学、系统生物学等学科的突破，药物、疾病和基因之间复杂的相互作用逐渐成为研究的重点。传统的生物医学研究往往集中在某一特定维度上，例如研究蛋白质 蛋白质相互作用（Protein...

GraphQL API 使用介绍：以 Open Targets Platform 为例 GraphQL 是一种强大的 API 查询语言，它允许客户端精确地指定所需的数据，从而优化网络请求和提高数据获取的效率。本文将通过 Open Targets Platform API 的示例，介绍如何使用 GraphQL API 进行数据查询。 理解 GraphQL Schema GraphQL API 的核心...

REST API 和 GraphQL API 的联系与区别 API（Application Programming Interface，应用编程接口），通俗点说，就是不同软件之间的交流工具。它让我们可以从服务器获取数据或者把数据发送给服务器。目前常用的两种常见 API 是 REST API 和 GraphQL API。 REST API REST API （Representational Sta...

使用网络方法识别疾病模块 在 2015 年的一篇 Science "Uncovering disease disease relationships through the incomplete interactome" https://www.science.org/doi/full/10.1126/science.1257601 中，作者提出了一种基于网络距离的方法来识别和分析疾病模块，并揭示...

使用 Entrez API 进行 PubMed 文献信息提取 PubMed 是一个常用的文献数据库，提供了大量生物医学领域的文献。当需要整理大量文献时，手动搜索可能会非常耗时。 我们可以使用 Entrez API 自动化这一过程。本文将介绍如何使用 Python 和 Entrez API 提取 PubMed 文献信息，并将结果保存为 CSV 文件。 image 20240703184324447 ...

基于网路的共病分析思路 基于网络距离的优化 带权重的随机游走 人工智能：图转化为 embeding 引入新的属性 添加输入、标签（节点） 反映共病 先拿典型共病来研究网络属性有没有明显特征，和生物机制联系在一起 基因的重合度 是否是关键蛋白决定了疾病的共病关系 任务 1. 复现 Menche et al. Science 2015 大部分疾病会形成本地化模块 2. 定义指标： 1. 怎么联系共病 ...

Aging Biomarker 在单细胞数据上的应用 单细胞数据集 GSE213516 研究标题： 单细胞水平外周血单个核细胞（PBMCs）基因表达谱 研究目的： 量化衰老速度以评估与年龄相关的衰退和死亡率，建立单细胞水平的衰老时钟。 实验类型： 高通量测序表达谱分析 实验设计： 研究纳入了17名健康志愿者，所有志愿者在采血时被评估为一般健康状态。 供体信息： 17名健康志愿者 数据概览： 由于患...

使用 Annovar 注释 VCF 文件 变异注释是基因组学研究中的关键步骤，帮助研究人员理解变异的功能意义。Annovar ANNOtate VARiation 是一个广泛使用的工具，用于对变异进行功能注释。 image 20240627110341101 https://img.limina.top/blog/image 20240627110341101.png 安装 Annovar 下载 ...

不一样的富集分析可视化 clusterProfiler 自带的可视化函数 barplot 和 dotplot 其实已经够看，但是想要与众不同一点的话还是得自己动手。 简单一点的方案 这套方案主要是将 GO 的三类 Term：BP、MF、CC 绘制到一张图上，并支持自定义颜色。 image 20240701020903451 https://img.limina.top/blog/image 202...

在 Ubuntu 中安装、更新和移除 deb 包 deb 包（.deb 文件）是 Debian 软件包，用于在 Debian 及其衍生发行版（如 Ubuntu）中安装软件。 安装 deb 包 安装 deb 包可以使用 dpkg 命令或 apt 命令。 使用 dpkg 命令 1. 打开终端（快捷键 Ctrl + Alt + T ）。 2. 导航到存放 deb 包的目录。例如，如果 deb 包位于 D...

生物信息学中的常见统计量 logFC 在差异表达分析中，logFC（对数折叠变化，Log Fold Change）用于描述基因在不同实验条件下表达水平的变化情况。 logFC 的底数 在多数基因表达分析工具（包括 limma 包）中，logFC 通常是以 2 为底的对数折叠变化。即 logFC = log2 FC ，其中 FC 是Fold Change（折叠变化）。 logFC 的计算 logFC...

差异表达分析：使用 R 进行 RNA Seq 数据分析 在现代生物学研究中，RNA Seq（RNA测序）已经成为解析基因表达的强大工具。差异表达分析是其中一个重要步骤，通过比较不同条件下的基因表达水平，我们可以找出哪些基因在不同的生物条件下表现出显著变化。 Summary of RNA Seq https://img.limina.top/blog/Summary of RNA Seq.svg "...

Hexo + ShokaX 博客搭建 参考： 1. 官方文档 https://docs.kaitaku.xyz/guide/ 2. 知乎用户 https://zhuanlan.zhihu.com/p/681477968 前置准备 安装 Node.js：Node.js 是一个基于 Chrome V8 引擎的 JavaScript 运行环境，用于构建高性能、可扩展的服务器端和网络应用程序。 Windo...

无slug\category\tag\tittle空白文章；此文章的路径为notion页面id

前几天把同一块硬盘上的黑苹果删掉装了 deepin 20 然后再进 Ubuntu 就进不去了，左上角有个光标一直在闪 尝试了修复引导，但是没有用 原因 暂不清楚，根据结果来看是显卡驱动不兼容，但是就算是引导损坏应该也不会影响显卡驱动啊？ 解决方法 在光标闪烁的界面按 Ctrl + Alt + F2 / F3 / F4 / F5 / F6 / F7 在命令行界面输入账号密码登陆 登陆成功再按 Ctr...

转录组信息学用到了芯片分析工具 ArrayTools 网址： https://brb.nci.nih.gov/BRB ArrayTools/download.html https://brb.nci.nih.gov/BRB ArrayTools/download.html 理论上安装完会自动添加 Excel 插件 但是当我打开 Excel，无事发生，这就要自己手动添加加载项了。 打开 Excel ...

很久很久以前装的Ubuntu的WiFi一直有问题，今天问了tb说这个太费时间了。。。 想到之前那个用来做启动盘的U盘好像不太行，想想还是重装下系统吧 但是我已经没有空U盘了，不想买也不想格式化，那就用移动硬盘吧 准备工作 工具依旧是Rufus，官方的不用白不用 系统镜像 唔，都20.04了啊。。。 我的hxd gl赞助的移动硬盘（纽曼 清风3.0） 一点小问题 没有移动硬盘可以选 没有移动硬盘选 ...

2020.8.7 立秋 打算开始搭网站了 下载 Xampp 下载了几天都没下下来 外国服务器真的是程序员一大痛点。 好不容易刚装上 Xampp，Apache 服务就打不开 错误日志显示 due to a block port ，端口被占用 解决方法如下 先点右边的 Netstat Netstat https://img blog.csdnimg.cn/20210221201910432.png 8...

安卓传照片给 iPad 也太蛋疼了 百度网盘太慢，坚果云免费版上传下载流量太少，OneDrive。不想用 最后用了 Documents+FTP（但是后面下载视频的时候也很慢。可能是我的网络问题。不过搭都搭了记录一下吧） 适用场景 在局域网中传输文件但是某些软件传输文件时有大小限制（比如 QQ）、速度限制（百度网盘） 搭建步骤 FTP File Transfer Protocol 是 TCP/IP ...

本教程仅针对 Hostinger 进入数据库管理页面 在宝塔面板数据库标签页面点击 phpMyAdmin 进入数据库管理页面 2021 08 21 https://img.limina.top/blog/进入数据库管理页面 2021 08 21.png 导出数据库文件 在页面左侧找到要导出数据的本地数据库，然后全选导出 导出数据库文件 2021 08 21 https://img.limina.t...

购买 添加域名 添加域名 2021 08 21 https://img.limina.top/blog/添加域名 2021 08 21.png 这里我选择在 Namesilo 上买好的域名 创建/迁移网站 创建或迁移网站 2021 08 21 https://img.limina.top/blog/创建或迁移网站 2021 08 21.png 点创建新网站 那我肯定选 no 2021 08 21 ...

宝塔+WordPress建站 下载宝塔面板 网址： https://www.bt.cn/ https://www.bt.cn/ 配置 安装完成打开，删除安全入口，填写用户名和密码然后保存 面板配置 2021 08 21 https://img.limina.top/blog/面板配置 2021 08 21.png 登录面板 直接点击上面的面板地址，输入用户名和密码登录 登录面板 2021 08 2...

安装完开机需要大约 2 分钟（SSD） 按方向键上键到代码页面 看到有一行 A start job is running for dev disk by... 然后会计时 1 分 30 秒 原因 系统启动时 swap 分区挂载失败 解决方案 使用 blkid 命令来查询 swap 的 UUID shell sudo blkid 在这里插入图片描述 https://img blog.csdnimg....

之前数据结构作业里遇到获取 System.out.print 内容的需求 找了好多只有这个可以用 完整通用代码 java import java.io.ByteArrayOutputStream import java.io.PrintStream public class SystemOut{ public static void outTest{ ByteArrayOutputStream b...

Ubuntu 下安装的软件有几种： 1. 软件商店安装的 2. sudo 在线安装的 3. 用 deb 包安装的 4. 源码编译安装的 5. 直接解压使用的 用 Ubuntu 以来一直苦于第 5 类要带路径运行写一长串代码，丑且烦 最近找到方法了，记录一下，顺便也记录一下第 4 类 源码编译安装的 可以用如下命令 shell echo 'export PATH="软件路径":$PATH' /.ba...

软件 LibreOffice 系统一般都自带了 命令 shell libreoffice headless invisible convert to pdf .ppt word excel 应该也是一样的

前几天在 Ubuntu 下写基因组信息学实验报告 用 wps linux 转 pdf 遇到了字体问题，就把 windows 字体拷过来安装了 然后再用 QQ 就出现一堆口口口口。但是这个不影响使用 影响使用的是他会卡死。 原因 字体缓存没更新 解决方案 1. 删除 windows 字体 嫌麻烦我就没删。 或者可以： 2. 重建缓存 shell cd /usr/share/fonts sudo fc...

之前在 windows 下自己写的 python 包只要放到 .../anaconda3/lib/pythonx.x/site packages 下就能导入了，到 ubuntu 里发现不行，因为由于各种奇奇怪怪的原因电脑上装了两个 jupyter notebook…而且路径都不对 感谢 CSDN 的大哥，让我用上了更简单的 Ubuntu 参考：https://blog.csdn.net/qq\ 3...

fluff 是一个软件包，它允许对映射到参考基因组的高通量测序实验进行简单的探索、聚类和可视化。这个包包含三个命令行工具，用于生成发布质量数据 官网：https://fluff.readthedocs.io/en/latest/introduction.html 环境：Ubuntu 20.04 LTS，这个软件好像不支持 win？ 这个安装好无语。大家的 PC 都装不上，部分机房电脑是可以装上的 ...

官网：http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art/ 在这里插入图片描述 https://img blog.csdnimg.cn/20201101092531986.png?x oss process=image/watermark,type ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow 10,...

这是之前写的，后来重装系统图片没了。有机会补图 参考：https://blog.csdn.net/qq\ 27818541/article/details/72675954 更新问题 之前装系统时分给/boot 了 210MB 当 linux 系统升级的时候，旧的内核版本并不会被清理，升级几次就提示/boot 内存不足了 所以要卸载旧的版本内核 步骤 查看已安装的内核版本 shell dpkg g...

准备工作： 一个 4GB 或更大的 U 盘 Ubuntu ISO 镜像文件 Microsoft Windows XP 或更高的系统版本 Rufus https://rufus.ie/ ：Ubuntu 官方推荐的免费开源 USB 启动盘制作工具 说明： U 盘不要是 扩容 U 盘 Ubuntu 粗分几种版本 桌面版 （图形界面）与 服务器版 （无图形界面） 长期支持版 （LTS，5 年）和 普通版 ...

专业版 Windows10 系统中内置了 Hyper V 虚拟机，但是内置的 Hyper V 虚拟机默认是不开启的，那么下面来详细说明如何开启和使用 Hyper V 虚拟机。 家庭版用户详见第四部分 关于 Win10 家庭版没有 Hyper V 功能的问题 首先看一下自己电脑的处理器是否支持虚拟化技术（现在的处理器基本上都支持了） cmd 中输入 systeminfo 查看虚拟化 https://...

WES

使用 Annovar 注释 VCF 文件