使用 ggsc 绘制 Seurat 对象
Seurat 包自带了一些绘图函数,虽然也是基于 ggplot2 的,但是扩展性其实没那么强
正好 Y 叔写了个包 ggsc,虽然已经有基本的[使用教程](https://yulab-smu.top/ggsc/),但还是有些常用的应用场景需要自己探索一下:
基本绘图
对我个人而言,基本绘图可以这样写
以上代码用于绘制细胞注释后的 UMAP 图,思路是:
- 设置 Seurat 对象当前的 Ident,这样默认绘图就会按照设置的当前 Ident 来着色
- `sc_dim_geom_label` 添加标签
- `ggtitle` 添加图像标题
- `scale_color_viridis_d(option = "H")` 使用 Viridis 颜色系统的离散调色板, H 调色板是测试下来最好看的一个颜色系列
- `guides` 参数用于调整图例,此处我修改了点的大小
其中 `shadowtext` 包也是 Y 叔写的,用于给文字添加阴影以使标签更美观,被用于范例
但当你的分群太过靠近时,如果不加 `check_overlap = TRUE` 参数,标签可能会重叠
但实际上,加上 `check_overlap = TRUE` 参数也并没有什么用......
这是 ggplot2 的一个参数,当加上时他会把重叠标签隐藏......(不是哥们
所以我们换用 `ggrepel` 这个简单又强势的包:
mapping 参数的使用方法
教程中对于 `mapping` 参数并没有讲的很清楚。它需要的其实是一个 `aes`
`aes`(aesthetic的缩写)用于在 ggplot2 中定义美学映射。它将数据变量映射到图形的美学属性上。例如,你可以将数据框中的一个数值变量映射到图形的 x 轴位置、y 轴位置、颜色、大小、形状等美学元素。例如:
这段代码同样会按照细胞类型来着色,与以下代码其实效果上是一样的:
如果不设置 `mapping` 参数,会使用默认的映射
分面
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